冷卻水的二次污染問題一直是食品工廠忽略問題之一，通常年糕、罐頭、肉制品、蔬菜食品等加熱殺菌結束后應立即冷卻，否則待加工食品的色、香、味、組織等口感就會發生改變，甚至失去食品營養價值。AORODO食品安全實驗室的研發人員告知：如果冷卻水中含有微生物，或中后期滋生細菌后二次污染待冷卻食品，對食品安全構成重大隱患。
　　專業從事食品消毒技術研發、制造的上海康久消毒技術有限公司裴冬平告知：如果食品冷卻速度偏慢，則食品在50～60℃之間冷卻停留時間過長，可能使得嗜熱性細菌二次繁殖，致使待冷卻食品因二次污染而變質、腐敗；因此，食品殺菌結束后，應立即采用無菌水進行冷卻，將熱力殺菌后的食品中心溫度迅速降到38℃以下，冷卻速度越快對食品質量影響就越少。如果提高冷卻水的品質，就需要借助更的殺菌技術。
　　一、如何提高冷卻水的品質？
　　在冷卻過程中，冷卻水與各類食品是充分接觸的，因此冷卻水必須是無顏色、無味道、清晰透明且無任何的雜質，建議采用冷凍的純凈水。冷卻水的pH值、微生物、硬度、含硫量等需要進行有效控制。以罐頭食品舉例，罐頭食品殺菌后的表面溫度非常高，當冷卻水對罐頭食品冷卻時，高溫的罐頭食品外包裝遇到低溫的水，則罐頭密封的二重卷邊及密封膠會立即收縮，并產生微量間隙，可能會使冷卻水被透入容器內，導致微生物或微量的水分子滲透到罐頭食品的容器內部，造成食品殺菌后重新被污染，嚴重時引起待冷卻食品的變質，這就是二次污染或二次交叉感染。所以，冷卻水中的微生物含量是必須要進行嚴格控制與滅殺。
　　所以，冷卻水必須符合GB5749生活飲用水衛生標準，其相應的理化標準如下：總大腸菌群不得檢出、硫酸鹽＜250 mg/L、菌落總數＜100 CFU/Ml、總硬度（以CaCO3計）＜450 mg/L，用這種水作為熟制食品或包裝食品的冷卻水才能保證安全。采用NICOLER動態殺菌技術對原料水進行殺菌消毒后，對冷卻末端排水抽樣檢測報告顯示：大腸菌群無檢出，菌落數＜1；檢測數據足以說明用符合國標GB5749《生活飲用水衛生標準》的水。作為熟制食品或包裝食品殺菌冷卻水，可以保證產品的是安全，可以保障產品的衛生質量。
　　二、冷卻水的加氯處理還是加臭氧處理？
　　目前，出口歐洲的產品是禁止采用氯消毒的，所以建議采用臭氧來消毒，可以采用雙核技術的臭氧發生器或不衰減技術臭氧發生器（專業消毒設備，二選一）進行消毒，臭氧的殺菌濃度≥0.5ppm，濃度達標后持續0.5小時，可*殺滅冷卻水中的各種微生物。
　　如果冷卻水不采用不衰減技術的臭氧殺菌，衛生狀況差，則對食品的安全性帶來潛在危害，則必須在冷卻水進入冷卻池或殺菌鍋之前進行臭氧消毒，要在冷卻水使用前20分鐘充分消毒，確保冷卻水的衛生指標。有些工廠會購置動態消毒水工作站產生的消毒液，直接對設備表面進行COP清洗消毒，據悉該技術是將自來水直接變成消毒液，一噸的成本僅為2度電的成本，可以有效殺滅大腸桿菌、菌落總數等。