在接種環節，污染食用菌菌種的雜菌很多，包括細菌、霉菌、酵母菌、放線菌等。如果在接種前及接種中，能夠有效滅殺環境的微生物，將有效的提高食用菌的接種成功率。專業從事食品消毒技術研發、制造的上海康久消毒技術有限公司董迎紅經理告知：菌種遭受微生物污染的原因主要有以下幾方面：
　　一、菌種培養室陰暗潮濕、空氣污濁，空氣中含很多雜菌，污染了食用菌菌種。采用雙核技術的臭氧發生器或不衰減技術臭氧發生器（專業消毒設備，二選一）進行消毒，臭氧的殺菌濃度≥10ppm，達到殺菌濃度后再持續開機30分鐘，可以有效的殺滅旮旮旯旯內的各種霉菌、自然菌等。
　　二、接種室消毒不嚴。未采用合適的方法，對接種室進行有效的殺菌消毒。采用“白+黑”殺菌工藝，所謂“動態消毒”即需要動態消毒和靜態消毒的配套進行。
　　白天工人工作的時候采用動態消毒設備：如食品動態消毒機，近年來這一設備也廣泛用于一些大型食品企業的包裝、冷卻及灌裝環節，是真正意義上的食品企業專用的動態消毒設備。在動態有人情況下，采用Nicoler殺菌腔殺菌；其消毒過程為：開機時，將室內的含菌空氣吸到機器內，在等離子體靜電場內施加0.5-1.2萬伏高壓，產生高濃度的離子體，使通過含菌空氣迅速被極化，高壓電荷瞬間釋放能量擊穿微生物細胞壁，從而導致細菌死亡。在對消毒滅菌時，人可同時在室內生產生活，對人體無危害；主要用于在有人工作的情況下，同步動態殺菌消毒，使受控環境保持在“無菌無塵”標準。由于在對車間消毒時，人可同時在車間內工作，所以，該種殺菌機稱作食品動態消毒。該機器是一種成熟的消毒技術，對人體沒有任何傷害，主要用于在有人工作的情況下同步動態殺菌消毒。
　　晚上工人下班后采用靜態消毒設備，一個細菌在24小時內會繁殖成百上千甚至上百萬細菌，利用臭氧消毒能夠有效地滅活各種細菌。專業從事臭氧殺菌技術研發、制造的上海康久消毒技術有限公司董迎紅經理告知：臭氧殺菌后，必須進行嚴格的殺菌效果驗證，才能保障食品安全，其驗收標準如下：1、常規企業的臭氧殺菌默認標準：聞到臭氧味道就具備殺菌效果：臭氧濃度≥0.5ppm即可去除異味；0.5～1.0ppm即可殺滅空氣中80%自然菌，濃度越高殺菌效果就越好；需要說明的是，相對濕度＜45%，臭氧對空氣環境中微生物幾乎沒有殺滅作用，在≥60%時逐漸增強，在95%時達到大值。2、對產品質量要求較高企業的標準，10萬等級凈化車間驗收濃度≥10ppm，達標濃度≤60分鐘；達到規定各級別規定濃度后，再持續殺菌30分鐘即可完成完整的殺菌過程。
　　三、培養料滅菌不*，被雜菌污染。滅菌不*的原因主要有：1）滅菌操作不當。采用常壓100℃、6-8小時或高壓121℃、0.5-2小時的滅菌方法，均能殺死一般雜菌的菌絲體與孢子。目前，食用菌培養料多采用常壓滅菌或高壓滅菌方法。常壓滅菌對谷粒、糞草等材料的滅菌難度較大，不容易達到*滅菌的效果；而高壓滅菌法的效果更好。2）培養料的不同。制作菌種所需材料的種類、培養料的含菌量、含水量以及酸堿度等因素都會影響滅菌效果。應根據不同培養料的特性，選擇相應的滅菌時間。3）菌種包裝容器的影響。制種時，一般用瓶或袋包裝菌種。塑料袋傳熱速度快，而玻璃瓶傳熱速度則慢些。在相同培養料、使用相同的滅菌方法時，瓶裝料要比袋裝料滅菌時間更長。
　　四、菌種中含有雜菌。用于擴大培養的食用菌菌種的原種本身必須是純菌，這樣才能保證菌種的單一性。如果食用菌菌種中含有雜菌，則會導致接種率下降。
　　五、接種人員操作不當。食用菌接種過程需要嚴格的無菌操作環境，如操作不規范，則易導致培養料被雜菌污染。污染培養料的雜菌一般是接種室空氣中的雜菌、菌袋表面的雜菌以及接種人員的體表雜菌等，采用“白＋黑”的殺菌組合工藝，可以有效控制雜菌污染問題，也可以有效的提高食用菌接種的成功率。