微波殺菌是利用了電磁場的熱效應和生物效應的共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質變化，使細菌失去營養，繁殖和生存的條件而死亡。微波對細菌的生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，細胞結構功能紊亂，生長發育受到抑制而死亡。此外，微波能使細菌正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸RNA和脫氧核糖核酸DNA，是由若干氫鍵松弛，斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變，或染色體畸變甚至斷裂。
　　
　　濟南鑫弘微波設備進行巴氏消毒和殺菌具有許多優點：
　　
　　一、采用微波殺菌可在很短的時間內對食品的內部進行殺菌。一般情況下，霉菌、酵母和常見微生物用鑫弘微波設備加熱1min，加熱到70~80℃就能殺死，達到殺菌的目的，在65~66℃用微波照射2min便可殺死青霉素的孢子。應用微波輻射技術能在較低溫度下把微生物殺死，微波處理谷物、食品工藝在60~70℃就能起到殺蟲、滅菌的作用。
　　
　　二、滅菌效果好。只要按規定條件操作，每克含菌量數十萬的中藥材經過微波滅菌后，雜菌可控制在5000個/g以內，霉菌控制在50個/g以內。用微波工藝處理的中藥材生產成中藥，可*達到國家衛生標準。
　　
　　三、作用溫度60~80℃，作用時間數分鐘。因此被被加工的食品成品、原料、中藥材的內在外觀質量及中藥材的的色味、藥效均不受太大影響。例如，對香料、香料、香精揮發油含量對照測定：微波滅菌干燥損耗20%，蒸汽滅菌干燥損耗80%。
　　
　　四、操作安全方便，可改善勞動條件，減輕勞動長度。
　　
　　五、與鈷60滅菌相比，微波滅菌沒有污染和污染殘留物，操作也很安全，成本降低30多倍。
　　
　　六、微波還可以用來滅菌包裝，控制霉菌生長。因為大部分包裝物對微波是透明的，可以對包裝后的食品進行微波加熱滅菌處理。