微波干燥機應用在食品領域的優勢是別的烘干設備所不能及的，由于其干燥的均勻性，快速性，特別是干燥時同時具有的殺菌功效是任何其它干燥設備所不能比擬的。但微波干燥也有其弱點，也有其所力不能及的領域，下面分析一點其不能應用的領域。
1、 物料要干燥的是表面層的附著水，并且物料本身不吸收微波或物料本身太薄，不能積熱。這種情況應用風干設備效果明顯，應用微波設備顯然不如風干設備。
2、 需要干燥的物料溫度不能太高的產品。這種情況應用微波干燥設備也是不理想的，比如干燥桂元，比如干燥木薯，比如干燥瓜果。因為這些產品含水量高，很容易積熱，但物料本身又不允許溫度高（否則會熟化），所以也不能用微波設備。
3、 帶有金屬的特料，因為金屬的特性是反射微波，所以帶有金屬的物料放到微波干燥設備里面，就算物料能干燥，但其干燥的均勻性也不無法控制的，所以也不適用于微波干燥設備。
4、 附加價值太低的特料，比如常常有人想著利用微波干燥設備來處理生活垃圾，處理污泥等等，雖然這在技術上是可行的，但在成本核算這一塊，往往因為這個物料根本沒有什么價值，所以其使用微波干燥設備在經濟上就沒有什么可行了。
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