殺菌鍋設備在運行后，其內部長會產生中出一種含有鈣鎂離子的堿性水垢。當需要對其進行清除時，可以使用酸性的物質來進行。但由于一些酸性物質會對設備進行腐蝕。所以在對其進行清除時，一般都是使用清洗劑或除垢劑等來進行的，這些試劑對金屬材質的腐蝕性較低，而其還具有較好的除垢效果。
   當設備在進行長時間的運行之后，其內外部會出現結垢或生銹等，從而會使得殺菌鍋設備所擁有的殺菌效果會產生較嚴重的影響。所以，為了防止水垢或生銹等對產品殺菌造成影響，應隔一段時間左右就需要對設備進行*清洗；當在進行殺菌的時候，其所使用的殺菌用水水質硬或設備經常需要進行長時間的使用時，其間隔的時間需要盡可能短一些。
   當設備內部具有較少的油量時，其可以直接使用酸性的洗滌劑來對設備進行清洗。其可以先使用低濃度的燒堿或草酸等材料來對設備進行循環清洗，然后在使用清水在其內部進行循環，去除殘留物。
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