首先挑選新鮮、成熟、無病蟲害的樹莓果實作為原料。然后對樹莓進行清洗，去除表面的雜質、灰塵和農藥殘留等。清洗后的樹莓可采用自然晾干或低溫烘干的方式進行干燥處理，以減少果實中的水分含量，便于后續加工，部分生產線還會對樹莓進行裁切或破碎打漿，以增加發酵的接觸面積，提高發酵效率。

這是樹莓酵素生產的核心環節，通常分為三個階段。第一階段是酵母菌發酵，將大分子分解成小分子，把淀粉分解成二氧化碳和酒精，也叫糖化作用；第二階段是醋酸菌發酵，將酒精分解掉，這個階段也叫醋化作用；第三階段是乳酸菌發酵，乳酸在反應作用下產生益生菌，該階段也叫熟成作用。發酵過程一般在恒溫發酵罐或常溫發酵罐中進行，通過控制溫度、濕度和通風等條件，確保發酵的順利進行。

發酵完成后，需要對酵素液進行過濾，去除其中的殘渣、雜質和微生物等，得到澄清的酵素液。然后根據產品的要求，在酵素液中添加適量的糖、酸、維生素等營養成分和調味劑，進行調配，以改善酵素的口感和風味。

調配好的樹莓酵素液經過無菌處理后，進入灌裝工段，將酵素液灌裝到預先清洗和消毒好的包裝容器中，如玻璃瓶、塑料瓶或易拉罐等。灌裝后進行封蓋、貼標等操作，最后將包裝好的樹莓酵素產品進行裝箱、入庫儲存或運輸銷售。

在整個生產過程中，還需要配備相應的熱水系統、電氣控制系統等輔助設施，以確保生產線的正常運行。同時，為了保證產品的質量和安全，生產環境需要保持清潔衛生，生產人員需要嚴格遵守操作規程和衛生標準。