使用殺菌鍋的時候，驅動軸的同心度可能會因為一些原因從而出現一些偏差，使得可能會出現一定的問題。
   殺菌鍋設備的傳動系統擁有減速器與自動定位系統，使得可以有效地保證轉動停止后鍋體能夠與其他的輔助設施始終保持在水平的位置。
   殺菌鍋應在運行之前安裝溫度計、水循環系統等附件，以便能夠隨時的檢查流量是否處于穩定的狀態。并且在啟動設備之前，應檢查鍋爐門以及所有的閥門和儀表是否能夠正常的進行關閉。而且在設備運行的時候，需要安排操作人員對殺菌鍋進行隨時的觀察其的控制系統是否能夠正常運行，當控制出現異常的時候則應該進行停機處理。
   一般的殺菌鍋能夠采用高溫以及高壓來進行滅菌，所以在運行的時候設備會具有較高的溫度。并且在殺菌完成后，不能時間打開設備，只有在將設備內部的壓力全數排出后才能將鍋門進行開啟。
   殺菌鍋能夠通過系統來自動設置殺菌參數，但是在其進行運行的時候不能對其的各項參數進行修改或重新設置。